Expert-comptable e-commerce : comparatif et tarifs 2026

Analyse documentaire rédigée par Loïc H, mise à jour le 4 octobre 2026 : pages tarifaires officielles des acteurs, Ordre des Experts-Comptables, service-public.fr et impots.gouv.fr, fiches Trustpilot. Le classement compare des expertises comptables en ligne et des réseaux de cabinets qui ne proposent pas tous le même périmètre : les prix cités sont des tarifs d’entrée publiés, à confirmer par devis.

Un e-commerçant ne cherche pas un expert-comptable « généraliste moins cher ». Il cherche quelqu’un qui sait ce qu’est un rapport de règlement Amazon, qui ouvre le guichet OSS au bon trimestre et qui ne comptabilise pas le net versé par Stripe comme un chiffre d’affaires. La vidéo ci-dessous, publiée par la chaîne de L-Expert-Comptable.com, passe en revue les erreurs les plus courantes au lancement d’une boutique en ligne.

Vidéo tierce sélectionnée pour compléter cet article, elle n’engage pas notre analyse.

Le podium 2026 des experts-comptables pour e-commerce

Notes sur 10, pondérées ainsi : maîtrise de la TVA e-commerce et des marketplaces (30 %), prix tout compris (25 %), accompagnement humain (20 %), outils et intégrations (15 %), avis clients (10 %).

Les chiffres clés de la comptabilité e-commerce en 2026

Cinq seuils structurent la vie comptable d’une boutique en ligne. Un expert-comptable qui ne les cite pas spontanément lors du premier rendez-vous n’est probablement pas le bon interlocuteur pour vous.

Sources : impots.gouv.fr (régime OSS et IOSS depuis le 1er juillet 2021), service-public.fr (franchise en base de TVA, page vérifiée le 1er janvier 2026 ; facturation électronique), directive européenne DAC7 transposée en France depuis le 1er janvier 2023.

Comparatif complet des experts-comptables e-commerce en 2026

Le tableau ci-dessous compile les données publiques vérifiables à date et notre notation. Les tarifs sont ceux affichés pour une société commerciale ; ils évoluent selon le volume de transactions, le nombre de pays et la paie.

Tarifs et chiffres relevés le 4 octobre 2026 sur les sites officiels. Trustpilot relevé le 4 octobre pour L-Expert-Comptable.com et Swapn ; * relevé lors de la précédente mise à jour (fin août). « nc » : non communiqué publiquement.

Pour visualiser l’écart, voici les tarifs d’entrée mensuels publiés pour une société commerciale. Attention, un prix « dès » couvre rarement un e-commerce multi-pays : demandez toujours le devis sur votre volume réel.

Les 6 experts-comptables passés au crible

L-Expert-Comptable.com, l’offre la plus dense pour un e-commerçant (9,5/10)

L-Expert-Comptable.com est un expert-comptable en ligne inscrit à l’Ordre des Experts-Comptables depuis 2009, qui revendique plus de 50 000 entrepreneurs accompagnés. Il est aussi l’un des rares à publier une offre spécifique e-commerce : dès 109 € HT/mois, sans engagement, avec tenue comptable, déclaration et paiement de la TVA, bilan, liasse fiscale et solde d’IS, CFE et attestations. Le dépassement du seuil OSS est facturé en option, 50 € HT/mois, et le dossier juridique annuel 149 € HT. La création de la société est offerte.

• Points forts : TVA intracommunautaire et OSS préparées et déposées par l’expert-comptable dédié, réconciliation des flux Stripe, PayPal, Amazon et Shopify dans l’application Tiime, marges suivies par canal de vente, réponse sous 24 h.
• Points faibles : tarif d’entrée plus élevé que Swapn, application Tiime facturée à part après 6 mois offerts (17,99 € HT/mois en plan Smart), l’inventaire de départ et la méthode de valorisation du stock se calent avec le comptable lors de la mise en place.
• Pour qui : e-commerçant multi-marketplace ou multi-pays, boutique avec stock, entrepreneur qui veut la création et la comptabilité chez un seul expert-comptable en ligne.

Pour vérifier le périmètre exact de l’offre commerçants et e-commerce, voir le site officiel de L-Expert-Comptable.com.

Swapn, le meilleur rapport prix et accompagnement pour une boutique qui démarre (9,1/10)

Swapn est un expert-comptable en ligne et une legaltech inscrite à l’Ordre des Experts-Comptables, créée en 2022, avec des équipes à Nancy et à Paris et plus de 15 000 entrepreneurs accompagnés. Sa comptabilité société démarre à 29 € HT/mois, sans engagement, avec les déclarations de TVA faites par un comptable, le bilan attesté par un expert-comptable et la télétransmission de la liasse fiscale. La création de la société est offerte, hors frais de tiers (greffe, annonce légale), et reste indépendante de la souscription comptable.

• Points forts : prix d’entrée le plus bas du panel, 4,8/5 sur 574 avis Trustpilot, assistance par téléphone, visio, chat et e-mail sous 24 h, facturation électronique conforme via une plateforme agréée.
• Points faibles : offre pensée pour des chiffres d’affaires modestes (le cœur de cible se situe sous 100 000 € par an), un e-commerce multi-pays à fort volume relèvera d’un devis au-delà du tarif d’entrée, outil Tiime facturé à part après 6 mois offerts.
• Pour qui : entrepreneur qui lance une boutique Shopify ou WooCommerce, dropshipper qui teste une niche, vendeur qui vend surtout en France.

Pour comparer avec votre devis actuel, voir le site officiel de Swapn.

Tiime, l’application mobile de référence pour piloter un e-commerce (8,7/10)

Tiime édite l’application de gestion utilisée par L-Expert-Comptable.com, Swapn et un large réseau de cabinets : facturation électronique, compte pro, lecture automatique des justificatifs, connexion bancaire et suivi de trésorerie. L’expertise-comptable elle-même est assurée par des cabinets partenaires inscrits à l’Ordre, dont le tarif varie. Pour un e-commerçant, la valeur ajoutée est le pilotage temps réel de la trésorerie et des marges.

• Points forts : application mobile très aboutie, compte pro intégré, plans Free, Smart (dès 17,99 € HT/mois) et Business (dès 24,99 € HT/mois), 4,6/5 sur Trustpilot.
• Points faibles : le prix final dépend du cabinet partenaire choisi, l’expertise e-commerce varie d’un cabinet à l’autre.
• Pour qui : e-commerçant qui veut suivre sa marge chaque jour et qui a déjà un expert-comptable partenaire, ou qui passe par L-Expert-Comptable.com ou Swapn.

Tyls (ex-Compta.com), le réseau historique (8,1/10)

Compta.com redirige désormais vers Tyls, un réseau d’expertise comptable créé en 1988 qui couvre comptabilité, social, juridique et patrimoine, du créateur à la PME. Les tarifs ne sont plus affichés : tout passe par un devis. Pour un e-commerçant, l’intérêt tient à la proximité d’un cabinet physique et à la largeur des services, mais l’offre n’est pas packagée e-commerce.

• Points forts : inscription à l’Ordre, réseau national, accompagnement global.
• Points faibles : pas de prix public, transition de marque qui brouille la lecture, peu d’éléments publiés sur l’OSS ou les marketplaces.
• Pour qui : e-commerce adossé à une boutique physique qui veut un interlocuteur de proximité.

Amarris, un cabinet installé avec une offre en ligne (7,8/10)

Amarris, membre de l’Ordre des Experts-Comptables depuis plus de 25 ans selon son site, revendique plus de 10 000 entrepreneurs accompagnés, en ligne ou en face à face. Son ancienne marque Amarris Direct renvoie aujourd’hui vers son site d’expertise comptable en ligne. La création en ligne est proposée gratuitement en autonomie, ou à partir de 150 € avec un juriste ; la comptabilité est sur devis.

• Points forts : cabinet installé, comptable attitré joignable directement, juriste dédié, accompagnement fiscal et patrimonial.
• Points faibles : pas de tarif comptable public, peu d’éléments publiés sur les intégrations e-commerce.
• Pour qui : e-commerçant qui privilégie la solidité d’un cabinet installé et une activité mixte, boutique physique et site.

Keobiz, le plus gros volume d’avis (7,5/10)

Keobiz, inscrit à l’Ordre depuis 2012, revendique plus de 18 000 entrepreneurs accompagnés depuis ses bureaux de Paris et Rouen. Ses forfaits démarrent à 89 € HT/mois pour les sociétés, en trois niveaux (Easy, Confort, Premium) ; le bilan et la liasse sont inclus à partir des packs intermédiaires, et la création est offerte si la comptabilité est confiée ensuite. Sa fiche Trustpilot est la plus fournie du panel avec 4 571 avis pour 4,3/5.

• Points forts : volume de dossiers traités, chargé de mission dédié, outils automatisés.
• Points faibles : ticket d’entrée élevé quand on ajoute le bilan, note Trustpilot inférieure à L-Expert-Comptable.com et Swapn, pas de mise en avant e-commerce.
• Pour qui : e-commerçant qui veut un grand réseau et accepte un budget plus élevé.

Où va la TVA de vos ventes en ligne ?

C’est la question qui sépare un expert-comptable e-commerce d’un généraliste. Le schéma ci-dessous résume les quatre situations les plus fréquentes pour un vendeur établi en France.

Le stockage dans un entrepôt d’un autre pays (Amazon FBA en Allemagne ou en Pologne, par exemple) ajoute une cinquième situation : un numéro de TVA local devient en principe nécessaire, car l’OSS ne couvre pas les transferts de stock entre pays.

Obligations comptables spécifiques à l’e-commerce, ce qu’un expert-comptable doit savoir gérer

Un site e-commerce cumule des obligations qu’un cabinet généraliste rate souvent. Voici les points techniques que votre expert-comptable doit maîtriser avant même de parler tarif, sourcés sur service-public.fr et impots.gouv.fr.

TVA OSS, le guichet unique et le seuil de 10 000 € de ventes B2C intra-UE

Depuis le 1er juillet 2021, toute vente à distance B2C dans un autre pays de l’Union européenne est taxée au taux de TVA du pays du consommateur, dès lors que le vendeur dépasse un seuil annuel unique de 10 000 € toutes ventes UE B2C cumulées (source : impots.gouv.fr, régime OSS). En dessous du seuil, la TVA reste celle du pays du vendeur. Au-dessus, le vendeur peut soit s’immatriculer à la TVA dans chaque pays de destination, soit utiliser le guichet OSS (One-Stop Shop) qui centralise une déclaration trimestrielle en France pour l’ensemble des pays concernés. Votre expert-comptable doit savoir ouvrir votre compte OSS sur impots.gouv.fr, appliquer le taux de destination à chaque vente et produire la déclaration trimestrielle.

IOSS, les ventes de colis importés de moins de 150 €

Si vous vendez des produits expédiés depuis un pays hors UE (Chine, Royaume-Uni, États-Unis) directement au client final, le guichet IOSS permet de facturer la TVA dès la commande pour les envois d’une valeur maximale de 150 €. Le colis est alors dédouané sans frais surprise pour l’acheteur. Au-delà de 150 €, la TVA est perçue à l’importation. Pour un dropshipper, c’est souvent la vraie question TVA, avant même l’OSS. Si la vente passe par une marketplace, la plateforme est présumée vendeur pour ces colis et collecte la TVA elle-même.

DAC7, les marketplaces déclarent vos ventes au fisc

Depuis le 1er janvier 2023, les plateformes (Amazon, Etsy, Vinted, Cdiscount, eBay) transmettent chaque année à l’administration fiscale le montant des ventes de leurs vendeurs, sauf pour ceux qui réalisent moins de 30 ventes et au plus 2 000 € sur l’année. Concrètement, l’administration peut rapprocher votre chiffre d’affaires déclaré de celui transmis par la plateforme : votre expert-comptable doit partir des mêmes rapports pour éviter tout écart.

Bilan annuel et liasse fiscale, 2065 pour l’IS et 2031 pour l’IR BIC

Toute société e-commerce à l’impôt sur les sociétés (SASU, SAS, SARL, EURL à l’IS) doit produire une liasse fiscale 2065. Un entrepreneur individuel au réel ou une EURL à l’IR relève de la 2031 pour les BIC. Le bilan et le compte de résultat sont obligatoires pour les commerçants (article L123-12 du Code de commerce) et les comptes annuels des sociétés commerciales doivent être déposés au greffe dans le mois suivant leur approbation, elle-même intervenant dans les 6 mois de la clôture. Un expert-comptable e-commerce prépare la liasse, la télétransmet et peut se charger du dépôt.

Régime TVA, franchise en base, réel simplifié ou réel normal

La franchise en base de TVA reste possible pour la vente de marchandises tant que le chiffre d’affaires de l’année précédente ne dépasse pas 85 000 €, avec un seuil de tolérance de 93 500 € en cours d’année (37 500 € et 41 250 € pour les prestations de services). Le projet de seuil unique à 25 000 € a été abandonné (service-public.fr, page vérifiée le 1er janvier 2026). La franchise est cependant peu pertinente dès que vous vendez à des professionnels qui récupèrent la TVA, ou que vous achetez beaucoup de stock avec TVA. Au-delà, un e-commerçant passe au réel simplifié (déclaration CA12 annuelle et deux acomptes) ou au réel normal (CA3 mensuelle). Pour un vendeur multi-pays, le réel normal mensuel est souvent plus simple à piloter.

Valorisation du stock, FIFO ou CMUP au bilan

Un e-commerçant qui détient un stock (à la différence d’un pur dropshipper) doit valoriser ce stock au bilan de clôture selon la méthode FIFO (premier entré, premier sorti) ou CMUP (coût moyen unitaire pondéré), conformément au Plan comptable général. Le choix impacte directement le résultat comptable, donc l’impôt à payer. Un expert-comptable e-commerce tranche cette question dès la première clôture, sécurise l’inventaire physique et documente la méthode retenue dans l’annexe.

Amazon FBA et marketplaces, TVA d’importation et flux transfrontaliers

Un vendeur Amazon FBA qui stocke sa marchandise dans des entrepôts allemands, espagnols, italiens ou polonais peut déclencher une obligation de numéro de TVA local dans le pays de stockage. Le guichet OSS ne couvre que les ventes B2C, pas les transferts de stock entre entrepôts. Votre expert-comptable doit savoir cartographier vos flux Amazon, décider s’il faut s’immatriculer dans chaque pays d’entrepôt et coordonner les déclarations avec les représentants fiscaux locaux si nécessaire.

Facturation électronique et transmission des ventes aux particuliers

La réforme s’applique aussi au e-commerce. Depuis le 1er septembre 2026, toutes les entreprises doivent pouvoir recevoir des factures électroniques via une plateforme agréée. À partir du 1er septembre 2027, les TPE et PME devront émettre leurs factures entre professionnels au format électronique et transmettre à l’administration les données de leurs ventes aux particuliers et de leurs ventes à l’international (e-reporting). Pour une boutique en ligne, l’enjeu est donc surtout la transmission périodique des ventes B2C : votre expert-comptable et votre outil doivent la prévoir. L-Expert-Comptable.com et Swapn s’appuient sur la plateforme agréée de Tiime.

Intégrations e-commerce, ce que votre expert-comptable doit connecter

Un expert-comptable e-commerce moderne ne saisit pas les factures à la main. Il connecte votre stack en API pour récupérer automatiquement les ventes, les frais de commission plateforme, les frais Stripe/PayPal et les remboursements. Voici les briques qu’il doit savoir intégrer.

• Shopify : export CSV des commandes, connexion via A2X ou Link My Books chez les experts-comptables les plus équipés, sinon export mensuel manuel.
• WooCommerce : plug-in de comptabilité e-commerce ou export CSV, à recouper avec le compte Stripe.
• PrestaShop : export CSV standard, module comptabilité tiers si volumétrie élevée.
• Amazon Seller Central : rapports mensuels de règlement (Settlement reports) à retraiter, distinguer frais FBA, frais de publicité, remboursements et TVA collectée par Amazon (Marketplace Facilitator).
• Stripe et PayPal : agrégation directe des paiements, imputation des frais de commission et des chargebacks.
• Banque pro : connexion bancaire native (Tiime, Qonto, Shine, Blank, banques traditionnelles) pour rapprochement automatique.

Comment choisir votre expert-comptable e-commerce, la méthode en 5 critères

Voici la grille de décision que nous appliquons pour classer les acteurs ci-dessus. Vous pouvez la reprendre pour arbitrer entre 2 ou 3 devis reçus.

1. Prix HT tout-inclus : demandez le prix mensuel avec bilan et liasse compris, sans surprises annuelles. Un forfait affiché bas qui ajoute plusieurs centaines d’euros de bilan à la clôture n’est pas un forfait tout compris : chez L-Expert-Comptable.com et Swapn, le bilan et la liasse sont inclus.
2. Application mobile et pilotage temps réel : si vous voulez suivre votre marge au quotidien depuis votre téléphone, vérifiez que l’application est fournie : c’est le cas de Tiime chez L-Expert-Comptable.com et Swapn (6 mois offerts, puis abonnement à part). Un reporting mensuel classique suffit pour une boutique simple.
3. Intégrations e-commerce : listez vos plateformes de vente (Shopify, Amazon, WooCommerce, Etsy, etc.) et vos processeurs de paiement (Stripe, PayPal), demandez à l’expert-comptable comment il récupère ces données.
4. Spécialité e-commerce documentée : l’expert-comptable parle-t-il TVA OSS, IOSS, seuil de 10 000 €, Amazon FBA et DAC7 sans être relancé ? Sinon, passez votre chemin.
5. Cible fiscale IS ou IR : SASU à l’IS, EURL à l’IR, micro-entreprise (que L-Expert-Comptable.com et Swapn ne prennent pas en comptabilité), chaque forme change les obligations et le prix. Vérifiez que l’expert-comptable gère votre forme juridique dans son forfait de base.

Simulateur : vos obligations TVA e-commerce et votre budget comptable

Renseignez votre activité : le simulateur indique le régime de TVA probable, les guichets à ouvrir, les obligations de vos marketplaces et le budget comptable annuel d’entrée chez les acteurs qui publient leurs prix.

Avec les valeurs par défaut (150 000 € de chiffre d’affaires, 25 000 € de ventes vers d’autres pays de l’UE, marketplace), vous relevez du réel simplifié, vous devez déclarer via l’OSS et votre marketplace transmet vos ventes au fisc. Le budget d’entrée ressort à 348 € HT par an chez Swapn, 1 068 € chez Keobiz et 1 908 € chez L-Expert-Comptable.com option OSS comprise. À ce niveau de complexité, demandez à Swapn un devis écrit sur votre volume réel : le tarif d’entrée vise des boutiques plus simples.

Exemple chiffré : budget complet d’une SASU e-commerce

Prenons une boutique Shopify en SASU à l’IS, chiffre d’affaires de 250 000 € HT, ventes 60 % France et 40 % UE avec passage du seuil OSS, stock de départ de 15 000 €, dirigeant rémunéré, régime réel normal mensuel. Voici l’estimation budgétaire annuelle de l’accompagnement comptable, hors cotisations et impôts.

L’écart entre le bas et le haut de la fourchette s’explique par le forfait tout compris (bilan et liasse inclus) face à un modèle à l’acte où le bilan est facturé en plus. Pour un e-commerçant qui démarre, le forfait tout compris est presque toujours gagnant la première année. Pour comparer plusieurs devis, appuyez-vous sur notre guide pour lire un devis d’expert-comptable.

Arbitrage salaire ou dividendes pour un e-commerçant en SASU à l’IS

Sur cette même SASU à 250 000 € de chiffre d’affaires, avec 60 000 € de résultat avant rémunération, l’arbitrage classique compare trois scénarios : tout en salaire (cotisations élevées mais protection sociale complète), tout en dividendes (impôt sur les sociétés à 15 % jusqu’à 42 500 € de bénéfice puis 25 %, puis prélèvement forfaitaire unique de 31,4 % en 2026 sur les dividendes), ou un mix salaire modéré et solde en dividendes. Le mix (un salaire suffisant pour valider quatre trimestres de retraite, le reste en dividendes) sort souvent gagnant en net, mais tout dépend de vos besoins de protection sociale. Un expert-comptable e-commerce doit produire cette simulation dès le premier bilan. Pour faire un premier calcul, utilisez notre simulateur salaire ou dividendes.

Erreurs fréquentes des e-commerçants avec leur expert-comptable, et comment les éviter

Voici les six erreurs les plus fréquentes chez les e-commerçants qui changent d’expert-comptable. Cette liste vous sert à la fois de check-list de sortie (pour partir dans de bonnes conditions, voir aussi comment changer d’expert-comptable) et de check-list d’entrée (pour cadrer le nouvel expert-comptable dès la signature).

• Guichet OSS pas ouvert malgré le dépassement du seuil de 10 000 € : chaque euro de TVA que vous auriez dû facturer au taux de destination reste dû, avec pénalités et intérêts de retard. Vérifiez que votre expert-comptable a bien ouvert votre compte OSS sur impots.gouv dès le premier trimestre de dépassement.
• Stock non valorisé au bilan de clôture : sous-estimer le stock revient à sous-estimer le résultat, donc l’IS. Une régularisation ultérieure entraîne un rappel d’impôt et parfois une pénalité de 10 %.
• Rapports Amazon Settlement non retraités : le montant net crédité par Amazon mélange ventes, frais FBA, frais de publicité, remboursements et TVA collectée. Enregistrer le net comme un revenu écrase la vraie marge et fausse vos indicateurs de marge.
• Marketplace Facilitator ignoré : dans certains pays UE, Amazon collecte et reverse directement la TVA pour vous. Recomptabiliser cette TVA comme si vous l’aviez collectée conduit à une double déclaration.
• Frais Stripe et PayPal non déduits : les commissions Stripe et PayPal sont des charges déductibles. Comptabiliser seulement les nets reçus fait perdre la déduction et augmente artificiellement le résultat imposable.
• Absence de convention de compte courant d’associé : si vous apportez de la trésorerie personnelle pour financer un stock, sans convention écrite et l’opération est plus difficile à justifier et les intérêts éventuels ne sont déductibles que dans la limite du taux fiscal maximal.

Quel profil d’e-commerçant pour quel expert-comptable ?

Si votre boutique est une SASU avant tout, notre classement des experts-comptables pour SASU détaille les offres par forme juridique, et notre comparatif des experts-comptables pas chers se concentre sur le prix.

FAQ : expert-comptable e-commerce

Pour aller plus loin

• Vous n’avez pas encore créé votre société : comparez les services de création de SASU en ligne.
• Vous voulez estimer votre impôt : notre simulateur d’impôt sur les sociétés applique le taux réduit de 15 %.
• Vous hésitez encore sur la méthode : lisez notre guide pour trouver un expert-comptable sans se tromper.

Méthodologie : notation fondée sur la documentation officielle (Ordre des Experts-Comptables, service-public.fr, impots.gouv.fr), les pages tarifaires des acteurs consultées le 4 octobre 2026 et les fiches Trustpilot. L-Expert-Comptable.com, Swapn et Tiime appartiennent au même écosystème : nous le signalons pour que vous lisiez ce classement en connaissance de cause. Analyse documentaire rédigée par Loïc H.