Expert-comptable startup : comparatif, CIR, JEI et levée 2026

Analyse documentaire rédigée par Loïc H, mise à jour le 4 octobre 2026 : pages tarifaires officielles des acteurs, Ordre des Experts-Comptables, service-public.fr (CIR, JEI, page vérifiée le 1er juin 2026), Code général des impôts, fiches Trustpilot. Les prix cités sont des tarifs d’entrée publiés, à confirmer par devis.

Une startup n’est pas une TPE comme les autres : elle brûle de la trésorerie avant de gagner de l’argent, elle investit en recherche et développement, elle distribue du capital à ses salariés et elle rend des comptes à des investisseurs. L’expert-comptable doit donc maîtriser trois sujets que la plupart des cabinets généralistes traitent mal : les aides fiscales à l’innovation, les outils d’intéressement au capital et le pilotage de la runway. La vidéo ci-dessous résume les dispositifs CIR, CII et JEI.

Vidéo tierce sélectionnée pour compléter cet article, elle n’engage pas notre analyse.

Le podium expert-comptable startup en 2026

Notes sur 10 : prix et création (20 %), accompagnement humain (20 %), maîtrise CIR, JEI et BSPCE (20 %), outils et facturation électronique (15 %), capacité à suivre la croissance (15 %), avis clients (10 %).

Les chiffres clés des aides et obligations startup en 2026

Sources : service-public.fr (crédit d’impôt recherche ; jeune entreprise innovante, page vérifiée le 1er juin 2026), article 219 du CGI (taux réduit), article 163 bis G du CGI (BSPCE), décret n° 2024-152 du 28 février 2024 (seuils du commissaire aux comptes).

Comparatif complet des experts-comptables pour startup

Le tableau croise les six acteurs retenus sur les critères qui comptent pour un fondateur. Aucune note n’est inférieure à 7,4/10. Relevé le 4 octobre 2026.

* Trustpilot relevé lors de la précédente mise à jour (fin août). « nc » : non communiqué publiquement. Les montages CIR et JEI sont presque toujours chiffrés à part, souvent avec un cabinet spécialisé en financement de l’innovation.

Les 6 experts-comptables passés au crible

L-Expert-Comptable.com : la référence startup en création

L-Expert-Comptable.com est un expert-comptable en ligne inscrit à l’Ordre des Experts-Comptables depuis 2009, qui revendique plus de 50 000 entrepreneurs accompagnés et une note Trustpilot de 4,6/5 sur 552 avis au 4 octobre 2026. Sa promesse pour un fondateur est double : créer la SAS ou la SASU à 0 €, démarches prises en charge par un juriste, puis tenir la comptabilité sans engagement, dès 69 € HT/mois pour une société de conseil, de logiciel ou de services (109 € HT/mois pour le commerce et l’e-commerce).

Pour une startup, l’intérêt est d’avoir dès la création un expert-comptable dédié qui répond sous 24 h et qui reste le référent ensuite : tenue comptable, TVA, bilan, liasse fiscale et solde d’IS, attestations, conseils sur l’arbitrage entre salaire et dividendes du président. Les études fiscales et sociales personnalisées, la paie et le conseil juridique sont en complément. L’application Tiime est offerte 6 mois, puis facturée à part.

• Points forts : création offerte, ancienneté à l’Ordre, prix fixe sans engagement, interlocuteur stable.
• Limites : pas d’agence physique ; les dossiers CIR lourds se traitent avec un spécialiste, comme chez la plupart des experts-comptables.
• Idéal si : vous créez votre première société et voulez un partenaire durable jusqu’au seed.

Voir le site officiel de L-Expert-Comptable.com pour vérifier le niveau d’offre adapté à votre activité.

Swapn : le meilleur prix pour un fondateur solo

Swapn est une legaltech et un expert-comptable en ligne créé en 2022, inscrit à l’Ordre des Experts-Comptables, avec des équipes à Nancy et à Paris et plus de 15 000 entrepreneurs accompagnés. Création de société gratuite (hors frais de tiers) et comptabilité dès 29 € HT/mois, sans engagement, sont deux services indépendants. Le bilan est attesté par un expert-comptable et la liasse télétransmise ; l’équipe répond sous 24 h par téléphone, visio, chat ou e-mail.

Sur Trustpilot, Swapn affiche 4,8/5 sur 574 avis, la meilleure note du panel. Pour un fondateur seul ou deux cofondateurs en pré-seed, c’est le prix d’entrée le plus bas avec un bilan signé par un professionnel inscrit à l’Ordre. Sur les sujets startup plus techniques (BSPCE, CIR, JEI), le conseil sur mesure est en option et la paie passe par un partenaire.

• Points forts : prix d’entrée de 29 €, meilleure note client, création offerte, réponse rapide.
• Limites : offre conçue pour des structures qui démarrent ; au-delà du seed ou avec plusieurs salariés, il faut un devis.
• Idéal si : vous êtes en pré-seed et voulez une comptabilité propre sans y consacrer de budget.

Pour comparer, voir le site officiel de Swapn.

Tiime : le logiciel et le réseau d’experts-comptables

Tiime n’est pas un expert-comptable au sens strict : c’est une suite logicielle française (facturation, notes de frais, banque connectée, compte pro) qui opère une plateforme agréée de facturation électronique, et dont la production comptable est assurée par des cabinets partenaires inscrits à l’Ordre. L-Expert-Comptable.com et Swapn utilisent Tiime. Pour une startup, la logique d’achat est inversée : on choisit l’outil, puis le cabinet. Le prix final dépend du cabinet partenaire.

Tyls (ex-Compta.com) : le réseau national historique

Compta.com redirige désormais vers Tyls, un réseau d’expertise comptable créé en 1988 qui couvre comptabilité, ressources humaines, juridique et patrimoine, du créateur à la PME structurée. Pour une startup qui grandit vite, ouvre des établissements ou prépare une filiale, c’est un choix pertinent sur devis, avec des cabinets de proximité. Limites : pas de prix public et un positionnement moins spécifiquement startup.

Amarris : un cabinet installé, avec prévisionnel certifié

Amarris, membre de l’Ordre des Experts-Comptables depuis plus de 25 ans selon son site, revendique plus de 10 000 entrepreneurs accompagnés, en ligne ou en cabinet, avec un comptable attitré et un juriste dédié. Il met en avant un business plan prévisionnel réalisé et validé par un expert-comptable, utile pour une banque ou un premier investisseur. La création est gratuite en autonomie ou dès 150 € accompagnée ; la comptabilité est sur devis.

Keobiz : le volume d’avis le plus élevé

Keobiz, inscrit à l’Ordre depuis 2012, revendique plus de 18 000 entrepreneurs accompagnés depuis Paris et Rouen. Ses forfaits démarrent à 89 € HT/mois pour les sociétés, en trois niveaux, le bilan étant inclus à partir des packs intermédiaires ; la création est offerte si la comptabilité est confiée ensuite. Sa fiche Trustpilot est la plus fournie du panel (4,3/5 sur 4 571 avis). Pour une startup, c’est un choix solide sur le quotidien, moins spécifique sur les sujets de levée.

Obligations comptables spécifiques d’une startup SAS ou SASU

Une startup française est le plus souvent une SAS (plusieurs associés) ou une SASU (associé unique), soumise à l’impôt sur les sociétés. Ses obligations sont celles de toute société commerciale.

• Comptabilité en partie double : livre-journal, grand livre, balance, enregistrement chronologique des opérations, dès la première dépense.
• Comptes annuels : bilan, compte de résultat et annexe, approuvés dans les six mois suivant la clôture puis déposés au greffe, avec une option de confidentialité pour les micro et petites entreprises.
• Liasse fiscale 2065 : déclaration de résultat annuelle, télétransmise par l’expert-comptable ; le formulaire 2069-A-SD s’ajoute pour déclarer le CIR.
• TVA : franchise en base sous 37 500 € de prestations de services l’année précédente, puis réel simplifié ou réel normal. Une startup qui facture peu mais achète beaucoup a souvent intérêt à opter pour la TVA dès le départ pour la récupérer.
• Facturation électronique : réception obligatoire depuis le 1er septembre 2026, émission à partir du 1er septembre 2027 pour les PME et micro-entreprises, via une plateforme agréée.
• Social : DSN mensuelle dès le premier salarié ou dès que le président est rémunéré.

Le commissaire aux comptes n’est obligatoire qu’au-delà de 2 des 3 seuils (5 M€ de bilan, 10 M€ de chiffre d’affaires, 50 salariés), mais des investisseurs peuvent en exiger un dans le pacte d’associés. Pour estimer l’impôt de la société, voyez notre simulateur d’impôt sur les sociétés.

Expert-comptable en ligne ou cabinet traditionnel : l’écart

À prestation équivalente (tenue mensuelle, TVA, liasse, entretien annuel), un expert-comptable en ligne coûte en général nettement moins cher qu’un cabinet de proximité facturé au temps passé, grâce à l’automatisation de la saisie. Pour une startup en pré-seed, quelques centaines d’euros par an contre plusieurs milliers, c’est autant de runway. La contrepartie est une relation à distance, en visio et par messagerie, rarement un frein pour des équipes habituées aux outils en ligne. Pour un fondateur qui veut un rendez-vous physique, Tyls ou Amarris jouent la carte du cabinet de proximité.

Comment choisir votre expert-comptable startup selon le stade

Un fondateur en pré-seed sans salarié n’a pas les mêmes besoins qu’une équipe de quinze personnes qui prépare une Series A. Voici le découpage que nous appliquons.

1. 1Pré-seed : créer et démarrer propre 0 à 2 personnes
   Création offerte, comptabilité connectée à la banque, liasse à jour en fin d’année 1, choix de la rémunération du président. L-Expert-Comptable.com et Swapn sont les deux choix évidents.
2. 2Seed : lever, embaucher, structurer 300 k€ à 2 M€ levés
   Paie et DSN, pack de due diligence (liasse, DSN, trésorerie mensuelle), premier dossier CIR, rescrit JEI, plan de BSPCE. Un expert-comptable en ligne tient le quotidien, un spécialiste sécurise le CIR.
3. 3Series A : piloter et rendre des comptes 15 personnes et plus
   Reporting trimestriel au board, budget, direction financière externalisée, parfois commissaire aux comptes et filiale étrangère. Un cabinet dimensionné, comme Tyls ou Amarris, ou une direction financière à temps partagé prend souvent le relais.

Fiscalité startup : CIR, JEI, BSPCE en clair

Une startup française peut bénéficier de dispositifs fiscaux importants. L’expert-comptable doit savoir les repérer, les chiffrer et les documenter, quitte à s’appuyer sur un spécialiste pour les dossiers lourds.

Le crédit d’impôt recherche (CIR) et le crédit d’impôt innovation (CII)

Le CIR finance les dépenses de recherche et développement : son taux est de 30 % des dépenses éligibles jusqu’à 100 M€, puis 5 % au-delà (service-public.fr). Les dépenses retenues sont principalement les salaires des chercheurs et techniciens affectés aux projets, un forfait de fonctionnement, les amortissements du matériel de recherche et certaines dépenses sous-traitées à des organismes agréés. Le crédit s’impute sur l’IS ; une PME qui n’a pas d’impôt à payer peut en demander le remboursement immédiat. Le CII, réservé aux PME, finance la conception de prototypes de produits nouveaux ; son taux a été abaissé par la loi de finances pour 2025.

Un dossier CIR solide repose sur une documentation technique (état de l’art, verrous, démarche, temps passé par personne) qui doit pouvoir être présentée en cas de contrôle. C’est un travail d’ingénieur autant que de comptable : beaucoup d’experts-comptables, en ligne ou non, le confient à un cabinet spécialisé rémunéré au forfait ou au pourcentage. Demandez qui monte le dossier, et comment il est facturé, avant de signer.

Le statut de jeune entreprise innovante (JEI)

Le statut JEI s’adresse aux PME de moins de 250 personnes réalisant moins de 50 M€ de chiffre d’affaires ou 43 M€ de total de bilan, indépendantes, et dont les dépenses de R&D représentent au moins 20 % des charges (seuil relevé de 15 % à 20 % pour les exercices clos depuis le 1er mars 2025 pour les sociétés à l’IS), sous condition d’ancienneté. Une JEI créée avant le 31 décembre 2028 peut bénéficier d’une exonération de cotisations patronales d’assurances sociales et d’allocations familiales sur les rémunérations du personnel de R&D, dans la limite de 8 401,58 € de rémunération mensuelle prise en compte et d’un plafond annuel par établissement. L’exonération d’impôt sur les bénéfices ne concerne plus que les JEI créées avant le 31 décembre 2023. Un rescrit auprès de l’administration fiscale sécurise le statut, et l’exonération doit être correctement déclarée dans la DSN.

Les BSPCE : l’outil de rétention des équipes

Les bons de souscription de parts de créateur d’entreprise (BSPCE) permettent à des salariés et dirigeants d’acheter des actions à un prix fixé à l’attribution. Ils sont réservés aux sociétés par actions de moins de 15 ans, non cotées ou de petite capitalisation, détenues pour au moins 25 % par des personnes physiques. Le gain d’exercice est imposé au taux forfaitaire de 12,8 % (30 % si le bénéficiaire a moins de 3 ans d’ancienneté dans la société), auquel s’ajoutent les prélèvements sociaux (article 163 bis G du CGI). Le plan s’adopte en assemblée générale extraordinaire, avec une valorisation documentée à la date d’attribution. L’expert-comptable produit les tableaux de suivi et les déclarations ; l’avocat rédige le plan et les procès-verbaux.

Arbitrage rémunération du président de SAS : salaire ou dividendes

Une fois la société rentable, le président assimilé salarié arbitre entre salaire (qui ouvre des droits retraite et santé) et dividendes, imposés au prélèvement forfaitaire unique de 31,4 % en 2026 après un IS de 15 % jusqu’à 42 500 € de bénéfice puis 25 %. En phase de levée, la question est souvent ailleurs : beaucoup de fondateurs se versent un salaire modeste pour préserver la runway. Le simulateur de référence est celui de l’Urssaf (mon-entreprise.urssaf.fr) ; pour un premier calcul, utilisez notre simulateur salaire ou dividendes.

Préparer une levée de fonds : ce que l’expert-comptable doit fournir

La due diligence financière est le moment où une comptabilité approximative coûte le plus cher : retards de closing, ajustements de valorisation, garanties d’actif et de passif plus lourdes. Avant de lever, l’expert-comptable doit pouvoir remettre :

Après la levée, l’augmentation de capital doit être correctement comptabilisée (capital, prime d’émission, frais d’augmentation de capital), et le pacte d’associés prévoit souvent un reporting trimestriel. Un expert-comptable rodé aux startups produit ces éléments dans le format attendu par le fonds.

Simulateur : runway, crédit d’impôt recherche et budget comptable

Renseignez votre trésorerie, votre consommation mensuelle et vos dépenses de R&D éligibles : le simulateur calcule votre runway, le CIR potentiel et ce qu’il ajoute en mois de survie, ainsi que le budget comptable d’entrée.

Avec les valeurs par défaut (400 000 € de trésorerie, 35 000 € de burn mensuel, 200 000 € de dépenses de R&D éligibles), la runway est de 11,4 mois ; un CIR de 60 000 € l’allonge de 1,7 mois. C’est souvent ce qui sépare une levée préparée sereinement d’une levée subie : d’où l’intérêt d’un expert-comptable qui documente le CIR dès le départ.

Les cinq erreurs à éviter au moment de choisir

La sélection d’un expert-comptable fait partie des choix structurants de l’année 1. Voici les cinq erreurs les plus fréquentes chez les fondateurs, avec la manière de les éviter.

• Choisir sur le seul prix d’entrée. Un tarif d’entrée correspond à une société simple, sans salarié. Dès qu’il y a de la paie, un dossier CIR ou un reporting investisseurs, le budget réel monte. Comparez sur votre profil réel, pas sur la vitrine.
• Oublier la clause de sortie. Regardez la durée d’engagement et le préavis dans la lettre de mission. L-Expert-Comptable.com et Swapn sont sans engagement, ce qui simplifie un changement au moment de la Series A.
• Négliger l’inscription à l’Ordre. Un prestataire non inscrit n’a pas le droit de tenir et de présenter vos comptes. Lors d’une levée, la due diligence vérifiera qui signe vos comptes : c’est un signal, pas un détail.
• Sous-estimer l’outil. Une bonne application (Tiime chez L-Expert-Comptable.com et Swapn) fait gagner du temps chaque mois au fondateur : notes de frais, factures, TVA, rapprochement bancaire.
• Découvrir trop tard les BSPCE et le CIR. Si vous levez, vous aurez besoin d’un plan de BSPCE dans les six à douze mois, et un CIR mal documenté se perd au premier contrôle. Vérifiez en amont l’expérience de l’expert-comptable et de ses partenaires.

Piloter la runway : le rôle de l’expert-comptable

Au-delà de la production comptable, l’expert-comptable d’une startup est une vigie sur la trésorerie. La runway, nombre de mois de trésorerie disponible au rythme actuel de consommation, structure tous les arbitrages : recrutement, marketing, R&D. Il faut idéalement, chaque mois, un tableau de bord simple : chiffre d’affaires, marge brute, burn net, trésorerie de fin de mois, runway prévisionnelle.

Ce reporting n’est pas toujours inclus dans un tarif d’entrée : demandez-le noir sur blanc dans la lettre de mission, ou produisez-le vous-même à partir de l’outil de gestion (Tiime chez L-Expert-Comptable.com et Swapn) et faites-le valider à chaque clôture. Un expert-comptable qui ne vous aide pas à connaître votre runway n’est pas un partenaire de pilotage, c’est un producteur de liasse fiscale.

Après une levée, la plupart des pactes d’associés prévoient un reporting trimestriel au board, souvent dans un modèle fourni par le fonds principal. Produire ce reporting dans les délais est ce qui distingue un expert-comptable rodé aux startups.

Questions fréquentes : expert-comptable startup

Checklist finale : dix questions à poser avant de signer

Avant de signer la lettre de mission, prenez trente minutes en visio et déroulez cette liste. Les professionnels sérieux répondront précisément ; ceux qui restent vagues sont à écarter.

1. Êtes-vous inscrits à l’Ordre des Experts-Comptables, et depuis quand ?
2. Quel est le tarif mensuel HT pour ma situation exacte (forme, chiffre d’affaires prévisionnel, salariés, TVA, CIR) ?
3. La création de la société est-elle incluse ?
4. Quel outil et quelle plateforme agréée de facturation électronique utilisez-vous ?
5. Combien de startups comparables accompagnez-vous ?
6. Avez-vous déjà suivi un plan de BSPCE et un dossier CIR, en interne ou avec quel partenaire ?
7. Quel est le délai de réponse de mon interlocuteur ?
8. Quels livrables mensuels : balance, trésorerie, runway ?
9. Quelle durée d’engagement et quel préavis en cas de sortie ?
10. Pouvez-vous produire un reporting investisseurs, et à quel tarif ?

Cette liste tient sur une page et sert de grille de comparaison si vous rencontrez deux ou trois prestataires. Si votre projet n’est pas encore immatriculé, comparez d’abord les services de création de SAS en ligne ; si vous êtes seul, notre classement des experts-comptables pour SASU est plus adapté.

Sources : service-public.fr, impots.gouv.fr, urssaf.fr, Ordre des Experts-Comptables, pages officielles des acteurs consultées le 4 octobre 2026, fiches Trustpilot. L-Expert-Comptable.com, Swapn et Tiime appartiennent au même écosystème : nous le signalons pour que vous lisiez ce classement en connaissance de cause. Analyse documentaire rédigée par Loïc H.